一般来说有两种解决方案。

第一种：添加“--plink-tped”参数：

用vcftools的“--plink”参数生成plink格式文件时，小样本量测试可以正常生成plink格式，用大样本量时产生Writing PLINK PED and MAP files ... Error:  Could not open temporary file.报错，于是尝试将“--plink"参数修改为”--plink-tped“参数，成功运行，具体如下：

/bin/vcftools --vcf 1000Genomes.vcf --plink-tped --out 1000Genomes

　　之后生成tfam和tped格式的中间文件，再将这个中间文件生成plink常用的格式文件

比如，生成ped和map格式：

plink --tfile 1000Genomes --recode --out 1000Genomes

　　生成bed,bim,fam格式文件：

plink --tfile 1000Genomes --make-bed --out 1000Genomes

　

第二种：添加系统的临时文件数

查看hard limit:

ulimit -Hn #查看hard limit

　这里假定hard limit有4096

设置soft limit，其数值应小于hard limit:

ulimit -Sn 4000

　　完成以后步骤以后，即可进行vcftools工具的计算。